从设立形式上看网联清算机构是依法设立的以营利为目的有限责任公司；从相对的合同关系上看网联机构是为商业银行和支付机构提供清算业务的服务平台，它与商业银行、支付机构都需要受到合同的保护和约束；从央行占绝对优势的出资额上看，网联机构又在实质上充当了央行监督支付机构资金清算的监管工具。
三种性质的重叠使得网联清算机构的法律性质变得复杂，为其规范合理运行制造了难题和潜在的法律风险。
1、有限责任公司
网联清算机构以网联清算有限公司（以下简称“网联公司”）的形式存在，它是在 2017年 8 月 29 日由多家市场机构共同出资设立的有限责任公司。
网联公司注册资金达到200000 万人民币，股权结构为央行清算总中心、上海清算所、黄金交易所等在内的央行下属单位共同出资占股 37%；支付宝等大型非银行支付机构均持股 9.61%；京东旗下网银在线紧随其后，持股 4.71%。
从网联公司的股权结构看，网联公司既具有私法上的独立性，又受央行影响，具备行政上的依附性。作为有限责任公司，网联公司应是独立法人，但受央行影响组建来看，它的运行极易受央行干预，甚至会对行政决策产生依赖性。
有限责任公司是依法定程序设立的营利性组织，营利性是其区别于国家机关、国家机构的特殊属性。
作为公司的本质特征之一，营利性主导着公司的基本运营，经营亏损会影响公司发展以及公司员工的收入，当公司的运营不再营利时，公司对于其运行时所负有的债务会无法偿还，此时公司将会宣告破产。
营利性对于有限责任公司同样重要，但当收集支付机构资金流转信息、为支付机构提供支付统一清算服务的任务承揽到有限责任公司身上时，有加大支付机构运营支出的可能，如何合理的收取费用维持网联公司的有限运转又不干扰支付机构便捷、高效、低成本地服务消费者，成为了网联公司设立及运行的一大挑战。
而为支付机构提供统一清算业务以便利央行监督金融秩序维护国家金融安全的功能也具备社会公益性，当该功能由有限责任公司负责时也需要认真考虑和风险预防。
2、服务平台
对于支付机构来说，网联清算机构是双方之间签订服务协议的服务平台。它是为第三方支付机构提供服务的统一清算平台，成为支付机构与商业银行的连接点，通过清算服务使得支付机构和商业银行的资金有效流通、确保金融消费者金融活动有效完成。
对于服务平台的定位，网联清算机构需要制定较稳定的运行规则和规范约束两个具有竞争关系的服务对象之间的权利义务，协议应是三方之间运行流程的基础和参照。
当网联机构、支付机构、商业银行三者之间依据签订的协议按部就班各行其道时，两两相对的合同关系以及三方之间的复杂利益与服务关系都将影响网络支付业务的统一清算，我国合同法的规定能否有效解决该类复杂的三方关系也将成为三者之间正常运行的一大挑战。
商业银行和支付机构在合作中又存在极大的竞争，网联机构的加入需要有更合理、更公平的权利义务框架出现来约束商业银行和支付机构的不当竞争行为，使其平缓过渡到网联机构统一清算的阶段，保障三者在协议框架下都能各自享有权利、履行义务，维护自己的利益。
3、央行监管工具
从央行的出资优势以及网联清算机构的形成背景来看，网联机构是为央行提供服务的信息分享平台，也具备为央行有效监管支付机构从事网络支付业务资金流通透明和资金流通合法的功能，使第三方支付的结算信息能够掌控在央行手中。
第三方支付机构从事的支付服务已经渗入到消费者、经营者生活的方方面面，网络支付、移动支付成为了国民出行必不可少的支付手段，在国民消费中占据重要位置，深深地影响到国民经济的发展。对于消费者、经营者在支付机构提供服务中产生的交易数据，央行必然要紧握住此类交易数据的核心，了解经济动态防范金融风险。
网联清算机构成为央行监管金融风险的工具，可以使得新支付手段摆脱传统结算——清算系统的现象得以缓解，杜绝支付机构事实上存在的跨银行机构清算业务。
央行牵头组建网联机构，加快促使支付机构与央行的数据对接就是要获取“盲区”内的经济信息，以此来把控经济走向，掌握国家的经济命脉，因此网联机构设立的初衷应是制造国家寻求监管支付机构空白区的监管工具，网联机构投入运行后也将开始为央行监管支付机构的支付数据与行为提供帮助。
网联机构的法律性质应是央行监管支付机构交易数据的工具。网联机构在我国现行法律及部门规章中以有限责任公司的形式存在，应该遵守我国《公司法》及相关司法解释进行运营。它的服务对象为各支付机构与涉及的商业银行，三者之间网联机构作为服务平台提供服务，需要根据服务合同的相对性履行义务为彼此负责。
但网联机构是由央行牵头组建的，央行相关单位出资额的绝对优势又使得网联机构的设立与运行极具行政依附性。
一是公司本应以营利为目的，但网联机构从事的清算业务却具有明显的公共服务属性，支付机构和商业银行对支付机构中用户的支付数据进行清算需要花费大量的清算成本，非银行支付机构很难通过市场交易的形式承担其成本。
如果网联机构提供的是公共服务，那么产生的成本无法从支付机构身上直接收回，营利属性减弱却依然要继续运行，足以见得网联机构运行的目的是为央行获取交易数据，进行对双方资金流动的监管。
二是接受网联机构提供的服务对于原有“直连模式”下的商业银行、支付机构来说具有明显的强制性。原有“直连模式”中，支付机构可以绕开央行进行系统内清算，并能与各商业银行谈判降低清算结算成本，各商业银行也可以从中获利。
现在将交易数据对接网联机构对双方来说都具备利益损失，而原有合同的主体结构简单，解决争议方式清晰，加入新主体网联机构会使法律关系变得复杂，从自身利益角度商业银行和支付机构更倾向“直连模式”的存在。
从被动接受网联机构服务的状况来看，我们可以看出接入网联机构的服务“体验者”是在接受央行的监管，因此，网联机构的法律性质应是央行监管支付机构交易数据的监管工具。
