在前述B2B支付难点解析中可以看到，B2B在线支付之所以难以落地，很大程度上是因为B2B交易不是简单的个人决策而是牵涉到多个角色，有复杂的审批流程，且支付决策需要有许多支持文件，并且还要涉及后续财务处理的合规性。
因此完整的支付体系除了要合理规划支付中心的功能外，还要考虑支付配套系统的建设，尽可能将商流、信息流、资金流、物流、票据流能实现在线统一和相互推进，使得在线交易更加顺畅。
一、电子合同系统建设
B2B在线交易中，签订交易合同是商流的核心，交易合同可作为后续推动资金流、物流和票据流的重要依据和处理交易纠纷的凭证。
通常交易合同的签订会涉及讨价还价、关键条款确定、合同审批、交易双方签字盖章、邮寄等流程。相应的在线合同系统需要提供灵活的合同模板、多角色审批功能、合法的电子签章功能。在线合同系统的建设不仅可以提高合同签订的效率，同时可以将合同相关条款直接转化为支付订单，从而方便财务人员完成在线支付，解决传统的线下签订合同造成的交易流程中断后财务直接线下网银支付的问题。针对平台自营业务中小额高频的交易需要合同支持的，在线合同签订系统通过提供与订单结合的制式合同以方便企业个人用户顺畅地完成在线交易。
二、在线物流查询系统建设
B2B在线交易相对线下交易最大的优势在于交易平台通过提供资金担保功能解决交易双方互不信任的问题。而担保支付的关键是资金流、物流和信息流的相互推进。
买方根据支付订单完成货款支付后，平台会通过订单状态的改变通知卖方发货，买方已支付的货款是否要支付给卖方、什么时候支付给卖方取决于买方什么时候通知平台货物已经验收无误。但通常买方收到货物后往往会忽略在平台确认收货的流程，造成保付资金无法及时结算到卖方账户，也增加了平台制定规则、发送催点通知的难度。
简单的在线物流查询系统可以在卖方发货后，通过输入运单号对物流状态进行跟踪，一旦买方签收货物，方与平台均可据此给买方发送催点通知，同时平台可以制定规则，约定在发送催点通知后一定期限内，如果买方不确认收货或进行其他操作，则视同买方已经同意将保付资金结算给卖方。
三、电子发票系统
交易平台通过对接在线支付渠道为买双方提供在线支付功能，支付服务商通常会向平台收取一定的支付服务手续费，而支付手续费收取取决于平台的商业模式设计。一旦平台约定手续费要买方或卖方在支付结算环节扣收，则涉及平台如何给手续费承担方开具手续费发票的问题。因为每笔交易都会产生一笔手续费，而且手续费金额较小，传统的线下开具发票并快递的方式会极大地增加财务开票工作量和邮寄成本，电子发票系统可以较好地解决这个问题。
交易平台只需要和电子发票服务商对接，其提供电子发开具的软硬件，并完成财务开票系统与用户在线申请发票系统的对接，即可支持用户选取开具票据范围，在线即时获取电子发票，方便其财务处理。
在2019年发布的《国务院办公厅关于促进平台经济规范健康发展的指导意见》中，关于营造良好政策环境一节提到，到2019年底前建成全国统一的电子发票公共服务平台，提供免费的增值税电子普通发开具服务，加快研究推进增值税专用发票电子化工作。可以预期不久的将来，电子发票将不再限于普通发票，增值税专票的电子化将会成为电子发票系统的组成部分，为平台用户提供极大的便利。
四、电子回单系统
前面介绍第三方支付模式最大的问题在于资金经过第三方支付的备付金账户，从而造成银行回单上的收付款方与实际交易中的买卖双方不一致，不符合税务增值税发开具中的三流统一规定，这是税务制度滞后于实际经济活动造成的问题。
为方便企业用户财务人员进行账务处理和合理面对税务审计，平台可通过与第三方支付的对接，向用户提供支付与结算环节的完整的回单，与银行回单配合使用，清晰地说明针对某订单的付款买方已经通过第三方支付账户支付给了卖方。
