在第三方支付给人们带来便捷的同时，对于第三方支付风险和安全的讨论，自它诞生之日起就不绝于耳：第三方支付将银行和支付客户隔离开，致使银行无法掌握交易信息，增加了非法套现、钓鱼欺诈的防范难度；第三方支付在用户信息泄露、交易安全、法律等方面也同样存在隐患。
2013年，第三方支付交易规模为17.2万亿人民币，同比增长38.7%.不可否认，第三方支付的出现一方面提高了效率，另一方面也解决了诚信担保难题，电商的迅猛发展无不得益于第三方支付的出现。然而，在功劳之外，第三方支付的隐患除了随处可见的钓鱼欺诈、非法套现、信息泄露，还有更深层次的影响。
隐患一：账户的入口表现为资金入口，由于第三方支付的出现，资金入口未必是曾经的银行账户入口。第三方支付由于更低廉的成本和更广泛的渠道，导致未来很有可能形成第三方支付在资金入口方面一家独大，而这其中以支付宝和财付通为代表的支付寡头会占据资金入口的绝大部分，这样一来，会对银行及相关机构造成侵蚀。
隐患二：一旦以支付宝和财付通为代表的第三方支付形成垄断，不仅会导致流量更加集中，也会使互联网上的创业难度加大，更加会导致第三方支付非第三方化。很多网站现在开始自建或者收购第三方支付公司，就是对这一现象的担忧。
