由于手机支付产业横跨金融业和通信业，目前我国手机支付产业监管主要由四个部门负责：人民银行、银行业监督管理委员会、工业和信息化部、住房和城乡建设部。人民银行负责维护支付、清算系统正常运行，对非金融支付机构进行管理；银监会负责对银行机构手机银行业务进行监管；工信部作为移动通信行业的主管部门，负责对移动运营商的手机支付进行监管；住建部负责对城市一卡通手机支付进行监管。
监管部门职责及依据
一、人民银行监管情况。
根据《中国人民银行法》第四条规定，人民银行履行维护支付、清算系统正常运行的职责。针对银行机构推出的网络支付、移动支付等新兴电子支付工具，2005年发布了《电子支付指引（第一号）》，明确了电子支付业务中银行和用户的权利义务、建立了安全防范控制体系、对产生差错后银行和用户的责任进行了划分，为人民银行开展对电子支付工具的监管工作提供了初步的依据。
针对非金融支付机构的推出的手机支付、预付卡等新型支付工具，2010年发布了《非金融机构支付服务管理办法》及其实施细则，主要包括五个方面内容：
一是建立了支付业务许可制度；二是明确了客户备付金性质、持有形式、银行的协作监督责任，并将客户备付金与实缴货币资本挂钩，初步建立了备付金存管机制；三是加强了申请人的资质管理，对出资人的资本实力、从业经验、资信状况、盈利能力等方面做出来规定；四是要求支付机构依法合规经营，履行反洗钱义务、信息披露义务。五是明确监管体制和法律责任，确立了人民银行的监管主体资格，明确了人民银行工作人员、商业银行以及支付机构违反有关规定应当承担的责任.
面对新兴电子支付工具的不断出现，人民银行缺乏掌握支付机构创新业务的手段，在监管中往往处于被动状态。
二、银监会监管情况。
根据《银行业监督管理法》规定，银监会负责对银行业金融机构开展各项业务的监管。2006年发布了《电子银行业务管理办法》、《电子银行安全评估指引》
对手机银行业务、网上银行业务进行了规范。银行开办手机银行业务须履行审批手续。银监会侧重于提高银行业金融机构自身的电子银行风险管理能力，其中的非银行类结算业务不属于银监委监管范围三、工信部监管情况。
根据2006年发布的《关于规范移动信息服务资费和收费行为的通知》，对移动运营商的移动支付业务内容、资费及收费行为进行监管，移动支付的额度则由各省通信管理局制定。同时，积极推动移动支付技术标准的统一。
四、住建部监管情况。
住建部依据2010发布《城市一卡通手机支付应用白皮书》插足手机支付监管领域，颁布了手机支付卡片、终端设备的技术标准、对一卡通运营机构的手机钱包业务进行管理。
