一、信用卡非法套现风险
信用卡套现者通常会通过在大型电子商务网站进行虚假交易来骗取信用卡现金。例如，不法分子通过非法手段在电商网站上开设虚假店铺，同时充当买卖双方，然后信用卡持卡人通过电商网站给约定的卖家下订单，利用信用卡透支功能将资金转入第三方支付中介账户，无需卖方派送商品，买方便发出确认收货指令将资金划拨到卖方账户，最后转入指定的银行账户从而成功套取现金。有些套现者甚至利用多张信用卡循环套现，会导致所有信用卡无法及时还款，扰乱了市场秩序，对银行造成经济损失。
即使持卡人还清欠款，也给银行系统带来了审查、清算欠款的业务负担，影响了银行的正常运营。
二、洗钱风险
导致我国第三方网上支付洗钱风险的主要原因是：（1）我国第三方支付平台尚未形成严格的用户信息审核制度，与金融机构的个人信息系统的信息交流存在一定阻碍。所以消费者、商铺在电商网站申请账户的流程未受到银行系统的严格监管，缺乏必要的账户实名认证制度，使得利用支付平台从事匿名交易有了可乘之机。（2）消费者主要通过银行指定的密钥、电子证书或数字签名实现资金从银行账户到第三方中介账户的划转，尽管银行特有的加密技术保护了客户的隐私，但却导致第三方支付企业在交易监控的过程中无法掌握客户账户的详细信息，存在掩盖交易主体身份的风险，增加了监管部门审查交易信息、追踪资金流向的困难。（3）互联网范围广、隐蔽的特点导致网络交易在时间、地域空间和信息空间上的不确定性，从一定程度上增加了用户的犯罪动机。
因此，一些从事网络赌博、毒品交易的犯罪分子往往依托第三方支付机构从事非法洗钱活动。如2011 年温州警方破获了全国首例利用网络"银子商"平台从事赌博交易的案件，涉案 798 人，赌资 4亿元；2012 年上海警方侦破特大网络赌博案，涉案50 余人，累计赌资逾 700 亿元。这些网络赌博案件的资金运作模式都是通过赌博网站所有人设立大量空壳公司，并以公司名义在一个或多个第三方支付平台注册成为会员商户，参赌人员将资金汇至公司开设在第三方支付平台的网络账户，赌博网站管理人员收到资金审核信息后，给参赌人员兑换对等的投注筹码，赌博结束后，参赌人员可通过第三方支付企业将自己的筹码兑换成人民币并汇回自己账户。
而赌博网站的所有人可在"虚拟交易"的掩护下将非法获得的赌资汇入银行账户，将黑钱洗"白",转变为合法收入。
三、非法资金跨境转移风险
我国第三方支付业务正处于飞速发展时期，越来越多的新型支付平台进入市场加剧了第三方支付业务的行业竞争---原有的大企业扩大自己的客户群的同时必须不断地进行功能创新，抵御新兴小企业的威胁；新兴的支付平台必须发挥规模小、灵活的特点，面向特定用户推出自身的独有功能，抢占剩余的客户资源。随着国民收入的不断提高以及国家对需求的刺激政策，消费者对国外商品（尤其是奢侈品）的需求持续高速增长，根据艾瑞咨询的报告显示：2013 年中国跨境外贸电商交易额突破 3.1 万亿元人民币，同比增长约 30%.随着境外代购母婴用品、化妆品的热潮持续升温，电子商务平台的跨境支付业务必将成为我国第三方支付企业最新的发展方向，也必将带来更激烈的竞争。
在这种情况下，一些未取得外汇局批准的第三方支付企业为了谋取利润、赢得生存空间，可能通过各种非法途径实现资金的跨境支付。
随着上海自由贸易区的挂牌成立，我国在开放资本项目和降低进口商品关税方面的改革步伐大大加快，最终将取消对一切外汇收支的管制，实现资本项目可兑换，这意味着我国居民可以自由地通过资本账户交易获得外汇，消除了境外投资的障碍，丰富了国内投资者的境外渠道。同时，进一步刺激了消费者对境外商品的需求，我国跨境电商交易量将实现新的突破。但是，资本的自由流动也打破了我国传统的外汇政策，对人民币汇率监管造成威胁，也方便了境内外投资分子利用第三方支付业务进行频繁交易，跨境转移巨额资金，给第三方支付企业带来繁重的账户清算负担，破坏人民币汇率水平，扰乱外汇市场正常秩序，甚至引发金融危机。
