1、第三方支付发展中存在的问题
随着第三方支付发展的不断深入，无论是新兴的互联网企业还是传统企业，都开始涉足第三方支付行业，更多竞争者的进入有力地促进了行业的发展，但由于缺少监管而带来的一系列发展问题也不得不引起人们的重视。
首先，由于行业的准入门槛较低，第三方支付机构的注册资金规模、资质参差不齐，，对于用户的资金、个人信息的保护力度不强，其安全系统面临重大风险；
其次，各第三方支付机构在各银行都有多个备付金账户，该平台的用户的交易信息无法得到有效监管，导致诈骗、洗钱等犯罪层出不穷；
最后，每天数以万计的资金流动产生了巨量的沉淀资金，第三方支付机构作为沉淀资金的保管人，能否对这笔资金进行有效的管理，以保障用户的权利，都是未知数。
另外，由沉淀资金产生的巨额利息的分配，也容易引发支付风险和道德风险。
2、第三方支付的监管措施
中国人民银行于2005年10月颁发了《支付清算组织管理办法（征求意见稿）》，业界很多人认为，这个管理办法正式稿的办法将对第三方支付企业进行清理，该管理办法对第三方支付企业的准入门槛进行了明确的规定，对第三方支付企业进行了规范。但第三方支付企业的发展既需要有序，同时也需要引导和保护。2009年中国第三方支付市场规模达到5766亿元，与支付相关的企业达到300家以上。
由于没有相关监管政策配套，第三方支付行业处于监管的空白期，挪用资金非法套现等行为接连发生，整个支付行业陷入了混乱。
2010年央行出台了《非金融机构支付服务管理办法》，确立了第三方支付相关的配套管理办法和细则，通过审核发放第三方支付牌照的方式把第三方支付机构开始纳入国家金融监管的领域内，并规定无支付牌照的第三方支付机构不得从事支付相关业务，这也意味着第三方支付行业的监管正式进入了全面规范化发展的时代。
第三方支付牌照，又称支付业务许可证，是中国人民银行为了加强对从事支付业务的非金融机构的管理而依法核发的非金融行业从业资格证书。所有的非金融机构要想提供包括网络支付、预付卡的发行与受理、银行卡收单和央行确定的其他支付服务在内的支付服务，必须按规定取得“支付业务许可证”，成为支付机构后才能进行。支付业务许可证也根据这四类支付服务分类，实际上能拿到全种类牌照的第三方支付机构不多。
支付业务许可证自颁发之日起有效期为五年取得牌照后，支付机构要在有效期满前6个月内向所在地人民银行分支机构提出续展申请。
2011年5月26日，央行正式发放首批第三方支付牌照，27家第三方支付公司成为央行认可的合法的第三方支付平台。2011年到2015年这段时间，是央行发放第三方支付牌照的高峰期，像智付支付、支付宝、拉卡拉、快钱等具有代表性的支付平台就是在这期间获得支付牌照的。
截至2018年3月，央行分8批发放了支付牌照中国人民银行记录在册的拥有支付牌照的机构数量为243家。在第三方支付行业随着支付牌照的发放不断规范的同时，2015年以后，央行紧缩了支付牌照的发放数量，收紧了第三方支付监管频频开出罚单。自2015年8月起，已有28家机构注销了支付牌照。
第三方支付机构所持牌照类型见表1。
表1 第三方支付机构所持牌照类型
