第一阶段：1999 年到 2004 年
支付网关模式在这个阶段做出了发展的积极探索。首信易在 1999 年的出现意味着我国拥有了首家第三方支付公司，这一平台功能单一，只能进行需求提交到银行，同时使得客户完成简单的网上支付。在 2004 年阿里巴巴推出支付宝 APP，关于这一软件的实质，是为了更加方便线上交易场景而出现的中介信用平台。
在第三方支付发展过程中，就需要开展网关的模式。也就是需要很强的技术部门和银行进行合作，才可以作为中介方，发挥桥梁的作用，使得消费者和诸多商家在进行支付时，能够免去跳转的操作。初步形成了银行与第三方支付的新型商业合作模式。
第二阶段：2005 年到 2011 年
这一阶段是互联网的时代巨轮之下的发展起步之年。2005 年我国先后共成立了50 多家第三方支付机构，其中包括财付通、快钱、拉卡拉等等。到 2009 年底，我国境内第三方支付已经出现了超过 300 家机构，达到的市场规模已经超过了 5700 亿元。
央行在 2011 年选取部分第三方支付公司发放支付业务许可 27 份（见：27家第一批第三方支付牌照名单表），说明第三方支付的模式已经获得了政府的官方认可。第三方支付也走向了快速发展之路，业务规模不断扩张。
第三方支付首先需要解决安全问题，在线上的交易场景中需要第三方支付的平台来降低用户与商家的交易风险。这一阶段，对于支付服务的问题逐渐得到解决，支付平台越来越关注增值服务等，第三方支付也逐渐被人们接受，在百姓日常生活中逐渐发挥着越来越重要的作用。
第三阶段：2012 年到 2015 年
这一阶段是不断强化的迅猛发展阶段。中国人民银行在 2012 年底选择对金融行业做出全新移动支付的标准设置，该标准涉及五个大类 35 个不同的领域，第三方移动支付平台的业务范围也进一步扩大。2014 年移动支付表现抢眼。从支付宝到微信支付，许多打车软件和抢红包以及移动支付都开始获得大量使用者。
第三方支付给整个世界的支付系统带来巨大的冲击，阿里巴巴旗下的余额宝、腾讯旗下的微信红包、收款二维码等支付方式一时间风靡全球。世界各地只要互联网能够触及的区域，每天都在发生大量的产品交易，交易双方在互联网上建立联系。
各种支付交易产品纷纷现世，满足了人们日常生活的所需。
第四阶段：2016 年至今
这一阶段是移动支付为主的趋于成熟的发展阶段。2016 年，第三方支付行业中业务量涉及最多的类型便是移动支付。到 2019 年，社会上绝大部分消费者都是使用移动支付进行交易。自 2017 年以来，线下二维码扫描支付交易成为社会主流趋势，且线下移动端应用支付的现象大大超过线上支付交易，第三方支付场景由线上逐渐转向线下。经过几年时间发展，我国第三方支付的使用用户在数量上获得了迅猛的提升，交易量也日渐增多。
截止到 2020 年年底，我国移动支付用户规模达到 8.54亿，移动支付业务 1232.20 亿笔，金额 432.16 万亿元。2021 年由中国银联开展的关于移动支付安全的调查报告结果显示，在 2021 年移动支付在一线城市居民中的使用金额已经达到了平均 5000 元以上，在月均消费额占比超过八成。五线城市民月均移动支付支出金额在 3000 元以上，在月均消费额中占比高达九成。
这段时间，政府对于第三方支付业务的风险防范和监管措施也不断在推出，同时出台了多项法规和政策来规范第三方支付的发展。2016 年，中国人民银行宣布不再颁发新的支付牌照。与此同时，中国人民银行还不时下发针对第三方支付机构的行政处罚，金额少则数万，多则数千万，表明了政府对于第三方支付监管的决心和力度。
