本部分将以支付宝为例， 详细阐述中国的第三方支付平台探索出的网络平台系统跨行转接清算模式的特点，以及与原有的卡系统跨行转接清算模式之间的差异。
支付宝的跨行转接模式与银联线上模式基本一致。
支付宝与 134 家（网站公布）金融机构接有 API 端口，实际合作的已有 200 多家，共有端口 1100 多个。 在设置端口的过程中，支付宝需与相应银行专线联接，因此投入成本较高，相当于重新铺设基础设施，投入巨大。 支付宝的业务主要是线上业务，2013 年其线上笔数与银联线下笔数相当，但业务量却是银联业务量的十分之一，由此可见支付宝网上支付较线下交易金额小，换句话说，线上支付的特点是小额多笔。
本文以如下例子来说明支付宝在银行行间转账时的具体资金流向。 如下图所示，在 A 和 B 同时拥有支付宝账户的情况下，基于支付宝系统如何实现客户 A、B 间的跨行转账。
例如，A（招行）转向 B（建行）转一笔钱，资金的实际流动过程为：A 在招行账户→支付宝在招行的备付金账户→支付宝在建行的备付金账户→B 的建行账户。 而外在表现出的资金流动过程为：A 在招行账户→支付宝在招行的银存账户（虚拟的）→A 的支付宝账户→B 的支付宝账户→支付宝在建行的银存账户（虚拟的）→B 的建行账户。
从拓展来看， 若是 A、B 中只有一方拥有支付宝账户，比如 A 有支付宝账户而 B 没有，同样，A 也是可以将资金从招行通过支付宝系统转给 B 在建行的账户（见下图）。
具体到跨行转接清算环节，支付宝通过在各个银行的备付金账户实现的各个银行间的资金流转，从而达到转账的目的，不仅执行清算功能，甚至在执行一种“准结算”功能。
在传统的卡系统模式下，具体的跨行转接清算组织形式如图 5. 在跨行转接清算过程中，银联在清分系统中会逐批将收单付单轧差后再从银行在央行系统中的备用金账户扣款或入款。 可见，银联在其中只承担清算功能，结算功能则由央行系统来执行。 由于卡系统必然需要统一的卡组织来实现银行间的互联，因此在卡系统模式下，从组织安排上讲，下图展现的组织结构确实是最简化的结构，是最有效率的组织安排。
在支付宝的跨行转接清算模式下，虽然由于支付宝不能使用央行的支付清算系统，因此必须自己在各个银行建立备付金账户，从而表面上看是支付宝依托于各个银行完成跨行转接业务。 但是如图 6 所显示的， 事实上是支付宝在跨行转接过程中处于控制地位。 如果不考虑支付宝的备付金资金是存在 A 银行还是 B 银行的话，那么从逻辑上讲支付宝完全可以使用其自己的备付金实现与各银行之间的结算。 新技术革命使得平台有能力脱离卡系统组建自己的清算系统，而备付金的存在又使得其有能力实现结算功能。 事实上现在的操作流程只是这种模式的一种变形，由于央行对于备付金管理的要求，实际的结算资金依然走的是央行的支付系统，这也是为什么称其为“准结算”功能。 但是如果只从效率角度考虑，那么图 6 中虚线下的部分事实上对于网络平台系统跨行转接清算模式来说并不见得是必要的，从组织安排上讲，下图虚线上方部分展现的组织结构才是一个网络平台支付体系中最简化的结构。
