网络支付系统发展的历程可以划分为以下四个阶段。
1、准备期（1982 - 1992年）
互联网进入大规模商用之前，电子支付系统已经得到相当充分的发展，并为后来互联网支付系统的开发奠定了基础。这一阶段的终点在1992年，以万维网（WWW）获得广泛应用、全球IP服务器数量超过100万台为标志。
自20世纪80年代起，以取代现金与纸质票据为目的多种电子化支付手段得到发展。最初，人们期望发明一种像现金一样的支付手段，资金可以通过电子网络或某种介质（如智能卡）流动。最重要的先锋工作来自David Chaum。
1982年，Chaum完成关于盲签名用于不可追踪支付的论文，之后开始进行匿名电子现金的研究与测试，并于1989年在荷兰创办Digi Cash。公钥密码体系早于1976年由Whitfield Diffile 与Martin Hellman等共同开始研究。
储值智能卡在20世纪80年代开始发展，以取代20世纪70年代的磁条卡，起初面向单一用途，1983年法国首张预付电话IC卡推出。电子钱包的概念随之出现：1991年英国NatWest银行启动Mondex项目，1992年丹麦推出全球第一个全国性储值卡方案Dankorta.这类电子钱包方案期望在POS支付领域与现金以及信用卡/借记卡进行竞争。
20世纪80年代开始出现的可视图文（Videotex）服务，如法国的Minitel、德国的BTX。家庭银行的概念开始出现，并一度被视为可视图文服务的关键应用，计费系统也作为服务的一部分开始得到发展。
当互联网的商业用途开始被发现时，多种电子化支付系统已经出现，包括POS、电子现金、预付款机制、计费系统、电子钱包等。
2、初创期（1993 - 1995年）
信用卡是传统环境中最成熟的消费支付工具，无卡交易模式（如邮购、电话购物）早已存在，互联网作为一种新型信息交换渠道出现时，信用卡支付便开始通过互联网进行。起初的实现方法非常简单，但是几乎没有任何防护，只是通过互联网传递卡号码从而实现交易。1994年Netscape开发的SSL标准增强了信息交互的安全性，即使后来出现了更多的安全手段这种由消费者向商家呈递卡号码的交易模式也没有根本上的改变。
然而，这个阶段创造了多项互联网支付的历史。Digi Cash开始发行电子化符号货币Cyberbucks，这种“私有互联网现金”的出现使第一代互联网用户非常兴奋。作为消费者、商家、信用卡网络之间交易中介的互联网支付服务商开始出现，如First Virtual、CyberCash等 其角色类似于传统环境中的POS服务商。
初创阶段对于银行业来说是难以接受的。欧美出现了众多不由银行发行的电子钱包方案，互联网现金的试验开始给银行敲响了警钟。
3、回归期（1995 - 1998年）
初创期的领先者来自非银行领域，下一阶段的回归期指银行业夺回支付领域控制权的时期，最重要的一步是组织开发并推广SET协议。SET协议是一个真正的金融支付标准，它按照现实环境中支付交易的要素构建出一个适用于互联网的完美模型，交易过程中各方之间依赖数字证书相互进行身份验证。
SET协议的开发目的在于防止早期信用卡通过网络简单呈递这一模式中已出现的欺诈行为，期望 对整个交易链进行系统性控制。
初期的SET方案依赖客户端功能创建复杂的本地钱包，也称为“富钱包”方案。第一笔SET交易于1996年12月完成。各国政府与中央银行都注意到电子货币的试验与扩散开始考虑电子货币与互联网支付的法律问题。1997年德国的电子货币业务被明确视为银行业务，1998年欧盟委员会开始起草电子货币法律。
一些初创期的先行方案被金融机构所接纳。1995年马克吐温银行开始接受符号电子货币，但从长远来看并不成功。至1998年，First Virtual与Digi Cash相继停止服务。同时，各国银行业开始尝试对其他传统支付工具（如直接借记、贷记转账）进行改造以适用于互联网，网上银行业务出现初步增长。
4、发展期（1999年至今）
2000年之前，大多数金融与非金融机构的创新行动并没有取得商业上的成功，“电子现金”无论在现实与互联网环境都相继失败，人们希望通过新技术创造出革命性新型货币的愿望很快落空。互联网支付系统并没有沿着最初的设想发展，而是在多个方向、多个细分领域取得了长足的进展。
当前，信用卡占据了网络支付的统治地位，从全球范围来看占有70% ~ 90%的份额。SET标准没有取得商业上的成功，革新方案开始出现信用卡组织各自开发自身的系统，如3D-SET。
1999年第一个SET瘦钱包出现，客户端越来越简化钱包系统朝着中央服务器的方向发展。
2002年，两大卡组织回到合作的道路上来，以3D-Secure为基础统一了信用卡在线认证标准。
2000年以后，电子商务出现飞跃，在线拍卖的盛行带动了C2C支付的增长，以PayPal为代表的虚拟账户机制获得了空前的机会。C2C定位于以前未被开发的中小型商家与国际支付市场。目前，互联网支付向多元化方向发展。基于银行账户的在线支付方案在多个市场取得初步成功，对信用卡支付形成重要的补充。
EMV迁移使全球多数市场扩展至互联网环境，2003年英国Barclaycard开始测试EMV卡在线支付。音乐与视频下载以及数字内容市场的兴起使微支付机制获得新生。
结合移动通信、智能卡、互联网等多种技术的移动支付前景看好，2004年日本DoCoMo“钱包手机”计划开始启动。在现实环境下，卡基电子货币并没有很快成为被广泛接纳的现金替代品，而是首先在移动、交通、政府等不同领域得到充分应用，目前这类系统正在向零售领域扩展。
在法律领域，欧盟电子货币法令于2000年正式颁布，2002年开始生效并逐步在欧盟各国推行。我国已有《电子签名法》，它解决了类似传统结算业务中签章的问题，规章有中央银行发布的《网上银行业务管理办法》，并出台中国银行业监督管理委员会（以下简称“银监会”）的《电子银行业务管理办法》和中央银行的主要针对企业和个人支付行为的《电子支付指引》。
今后涉及网络支付相关的法律法规还将不断完善，如与网络支付密切相关的关于电子票据的相关法规等。
